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Depuis son rattachement à la Hongrie, celle-ci est administrée par des Voïvodes au nom du Roi de Hongrie. Les armes des Souverains sont donc celles des Rois de Hongrie.
En 1526, la bataille de Mohacs qui voit l'anéantissement de l'armée hongroise par l'armée turque et la mort du Roi de Hongrie Louis II Jagellon, marque un tournant crucial dans l'histoire de la Transylvanie.
En effet, le décès sans héritier direct du Roi, cumulé à la défaite écrasante, provoque une crise politique et de succession majeure. Une grande partie de la noblesse hongroise et notamment l'essentiel de celle installée en Transylvanie, choisit, notamment sous la pression turque comme nouveau Roi, Jean Zapolya, jusqu'alors Voïvode de Transylvanie, tandis qu'une minorité de cette même noblesse hongroise, principalement celle installée dans la partie occidentale du Royaume, choisit comme nouveau Roi, le beau-frère de Louis II Jagellon, l'Archiduc d'Autriche, Ferdinand de Habsbourg (futur Empereur Ferdinand Ier), qui par ailleurs héritait du Royaume de Bohême (appartenant lui aussi à Louis II). Dans le cadre des négociations entre Ferdinand de Habsbourg et Jean Zapolya (et donc avec le Sultan), Jean Zapolya conserve le territoire de la Transylvanie et le titre de Roi de Hongrie (ce dernier devant revenir à sa mort à Ferdinand), tandis que Ferdinand recevait les territoires occidentaux du Royaume de Hongrie (Croatie, Slavonie, Hongrie occidentale).
A compter donc de cette date de 1526, et pratiquement jusqu'au début du XVIIIème siècle, la Transylvanie va donc avoir ses propres Souverains (titrés Roi de Hongrie jusqu'en 1540, puis Prince de Transylvanie), sous la suzeraineté ottomane.
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